原台南运河安平海关于2003年5月13日指定为市定古迹，2004年纳入安平港国家历史风景区计划，2005年2月整修完成，设置运河博物馆，配合府城行春活动，农历春节初一至初五上午9点至下午5点开放免费参观。

运河博物馆内展场以运河岁月老照片、先民渔船、渔具模型、旧安平海关模型为主要展示品；另规画一间放映室播放运河历史影片。运河博物馆外庭园绿草如荫、花红紫绿，是一个很美的休憩场所，欢迎民众春节期间到此走走逛逛，可能会意外发现老照片上的主角竟然就是自己哦！

运河博物馆建于日据时代，是一栋很美的木构建物，是昔日商船进出安平港的关卡，进口商船货物必须在此停泊缴交关税；后因历史岁月流逝，一度变成废墟；如今整修完成原貌再现，更增添一份古典美。


该运河博物馆在短暂一个月内筹设完成，市府文化局感谢文献委员郑道聪老师及国立台南海事水产职业学校大力协助，使得本馆能在春节期间试着开放。惟碍于人力不足，日后将依蚵灰窑文化馆荣誉志工管理模式，由石门、喜树、崇学三国小教师及各界志工轮值管理、导览解说。平常只有周六、周日上午9时至下午5时开放，免费参观。本馆位于安亿桥下，地址为安平路97之15号。